个人、国家（社会）、国际体系用来帮助理解世界政治中高度复杂的问题。肯尼思·沃尔兹认为，国际关系理论的研究可以分为还原主义理论和系统理论。关注个人或国家层次原因，以单位特性作为解释依据的理论研究是还原主义理论，亦即单元理论；认为原因存在于国际层次，以体系特性作为解释依据的是系统理论。沃尔兹的结构现实主义标志着国内政治与国际政治的彻底分离，其系统理论研究获得了公认的成功，但也面临着诸多不可回避的问题与挑战。最主要的问题是怎样实现国际关系的跨层次理论整合，或者说是复兴对外交政策的国内解释并使其如现实主义分析一样简约和理论化，这已成了国际关系学界的重要目标。从现实方面看，随着全球化的发展，安全问题的国内外边界日趋模糊，国际问题国内化，国内问题国际化，跨层次理论整合已日益迫切。
一、系统理论及其批评
在沃尔兹看来，还原主义理论的实质是通过研究个体组成部分来理解整体。所以他认为之前自称为“体系理论”的理论根本就不是体系理论，在这些论述中，国际体系因素与国家层面的因素混杂在一起，难以形成真正的科学理论体系，导致了“雷同的总结与肤浅的批评一再重复，类似的错误也不断重现。”为此，沃尔滋在其奠基之作《国际政治理论》中独辟蹊径，将国家层次和个人层次从国际关系理论研究领域剥离，建立起结构现实主义，最终成为国际关系学的主流理论。
自从沃尔兹的《国际政治理论》问世以来，体系层次的优先性已被国际关系学届视为理论构建的必要条件。国际关系理论的三种主流流派——结构现实主义、新自由制度主义和温和建构主义理论均是系统理论。它们的区别之处在于对国际体系和体系单位有着不同的认识，因而对体系特征和单位特征所包含的内容也就有了不同的解读。结构现实主义的体系特征是主要单位之间的物质权力分配的国际体系结构；新自由制度主义强调的重心从国际体系结构转移到国际体系进程，新自由制度主义的体系特征是制度；建构主义认为物质结构只有通过观念结构才能具有意义，其国际体系特征是共有观念的分配或观念结构。
系统理论研究及其分析法使国际关系研究突破了以往历史、哲学和法律式研究的窠臼，开始由单纯的定性分析向精确的定量分析发展。不过，国际系统理论也面临着诸多不可回避的问题与挑战。多尔蒂和普法尔茨格拉夫认为：国际体系的层次（理论）提供了一个精巧好用而且全面的模式，它赋予所有民族国家相似的目标，但这种对国家间相似性的简单化认识却低估了国家在体系中的差别以及国家的生存和独立性问题，并夸大了整个体系对行为体行为的决定性作用。通过比较的方法，侧重分析民族国家能够使我们看到行为体独有的特征，但这样做的风险是夸大国家间的区别，又使理论家所寻求的普遍模式变得模糊不清。秦亚青表示，体系理论陷入了一个两难境地：所有体系理论都将国家假定为单一的行为体，这一假定的目的是排除一切国内政治和社会进程的干扰，将国内因素完全排除，以保证理论的科学简约，但是却把大量问题和现象置于解释范畴之外。因为国内政治和社会进程对国家身份的界定、对国家利益的形成、对国家对外行为的表现都有着至关重要的作用。
即便是最早提出层次分析法的沃尔兹和辛格也认为其存在自身的局限性。沃尔兹认为，不同的层次涉及不同的问题，只有把三个层次结合起来，才能对国际关系有完整的认识。国际系统层次关注的是国际行为体所构成的国际体系的影响，所以要研究国际环境对国家间互动模式的影响。国家层次研究的是国家和非国家行为体在国家关系中的作用以及影响对外政策的国内要素。个人层次分析的是政治领导人和政府官员在制定和实施外交政策目标时的作用。同样，辛格以理论的功能为尺度，衡量了宏观和微观层次分析的利弊。充分的理论分析模式要具备三个功能，即表述功能、解释功能和预测功能。一个好的理论模式要能够高度准确地表述所研究的现象，解释所研究诸现象之间的关系，对于所研究现象的发展提供比较可靠的预测。根据这三个标准，辛格认为宏观的系统层次分析最能够从整体观察和发现国际关系的一般规律，但往往由于过分强调国际行为体的共性，而忽略了它们各自不同的个性特征。微观层次恰恰相反，注重个体而忽略整体，因而强调国际行为体之间的不同，但忽视了它们的共性。
总体而言，国际体系在事实描述方面不像国家层次那样“细致入微”，但却能在一个较长时段内解释和预测国际关系演变的宏观特征。这为国际关系研究者所喜爱，也已是成就斐然。但若进入微观层次，强调国际行为体之间的不同，单位层次因素则可提供国家动机的不同解释。微观层次在注重个体的同时往往也会忽略整体。应该说，传统三大层次之间的间隔已变得越来越小，各类层次共同构成了—个较为完整的研究谱系。正因为如此，跨层次理论整合成为学科发展的大方向与理论选择。