为推进医药卫生体制改革、实现城乡居民公平享有基本医疗保险权益、促进社会公平正义、增进人民福祉，2016年元月，国务院下发了《关于整合城乡居民基本医疗保险制度的意见》，要求各省要在2016年6月底前完成城乡居民医保整合工作的规划和部署，12月底前出台具体实施方案。并明确整合基本制度政策，即六个统一：统一覆盖范围、统一筹资政策、统一保障待遇、统一医保目录、统一定点管理、统一基金管理。毫无疑问，这一重大举措，对促进城乡经济社会协调发展、全面建成小康社会具有重要意义。
但至2016年8月底，全国各地城乡医保制度整合工作进展情况并不理想。审计结果表明，仅部分省份对城乡医保政策进行了简单统一，医保经办机构、医保信息共享还是在人社、卫计部门内部运作。有半数左右的省份还没有对此项工作作出规划和部署，一些省份还在等待观望，多数省份在整合城乡居民医保、理顺管理体制的问题上，部门之间存在分歧、尚未达成一致意见。还有一些省份在管理体制上出现反复，省级整合文件迟迟不能出台，直接影响下一步统筹地区的具体实施。于是出现了国务院文件下发数月，多地还是没有实质性的城乡医保整合的现状。因为制度整合不到位，继续保持制度城乡分割、管理分散的局面，影响城乡居民公平享有医疗保障待遇，继续固化二元结构；主管部门仍然各自出台政策，导致制度碎片化；国家、省市异地就医直接结算平台联网不到位，管理服务系统效率继续低下，异地就医医保报销时间长，老百姓怨言多。统筹信息系统重复投入建设，造成新的损失浪费；由于城乡居民医保制度分设、管理分割，导致重复参保、骗保，利用管理体制上的漏洞，侵蚀医保基金，造成医保基金的流失、浪费。这一切，既不是医保政策出台的初衷，更不是广大医保参保人和患者所愿意看到的。
深究制度整合不到位的根本原因，是顶层设计缺失。国务院对整合城乡医保制度的内容很丰富，唯独没有明确城乡医保整合后的管理体制，即谁来管理整合的医保基金，卫生还是人社，还是别的部门？而是把管理权下放地方政府去考虑。于是，负责城镇居民医保管理的人社部门和负责新农合管理的卫生部门开始明争暗斗，站在各自的立场，都认为自己来管最合适。人社和卫生部门都依据国务院3号文件关于“充分利用现有城镇居民医保、新农合经办资源，整合城乡居民医保经办机构、人员和信息系统，规范经办流程，提供一体化的经办服务”的要求，分别提出了自己的管理理由。卫生部门提出只统一城乡居民医保政策，不整合城乡居民医保经办机构、人员和信息系统，维持现有管理体制。卫生部门的理由是，新农合是卫生投入组建启动的，既有功劳也有苦劳，而且已经形成了一整套日渐成熟的管理系统。人社部门也提出了自己的理由，城镇职工和居民医保管理均在人社，管理基础好，信息系统建设更完善，管理人力资源更丰富。不归人社管，会造成城镇职工归人社、城乡居民归卫生的新的制度分设、管理分割。
表面上看，整合不到位是卡在了管理体制上，实质看，是卡在了部门利益上。每年1万多亿元的医保基金，支撑了2万多亿的医疗收入，4万多亿的医疗卫生资源。占国内生产总值（GDP）7%左右，这是一个庞大的医疗产业，直接涉及99万个医疗卫生机构、13万多家医保定点医疗机构、800多万医务人员的利益，卫生部门不肯放手是肯定的。人社部门想要抢过来管，也是可以理解的，这么大块的奶酪，任谁见了都心动，怎么可能轻言放弃。但综合分析这两家，各有各的优势，也各有各的缺点，在顶层决策不明确，双方势力均衡相持不下的情况下，制度整合进度缓慢成了必然。如何解决这一问题，尽快使国家政策落地，减少重复参保、骗保套保和发挥资金效益，实现城乡居民医保缴费和待遇水平基本一致和发挥医保共济互助作用，审计有自己的思考。
笔者认为，卫生部门显然不适宜管理城乡居民医保基金。首先，主要提供城乡医疗服务的全国近10万家公立医院，都有一个共同的政府投资主体，那就是各级卫生行政主管部门。换句话说，代表政府的卫生行政主管部门与近10万家公立医院是投资与被投资的关系。通俗地说，是“父与子”的关系，卫生行政主管部门与各级公立医院的人事关系也是错综复杂。毫无疑问，全力维护医院的利益，是卫生行政主管部门不二的选择，在发生医患纠纷时，主管部门维护医院和医生的利益始终放在首位，这也是医患矛盾近年来不断升级的主因。其次，医院与医药企业之间更是存在着千丝万缕的联系，此次审计结果表明，医生或其家属、亲人参股药企、开药店的情况全国比比皆是，正是这些千丝万缕的联系，使得医疗费用持续快速增长且几乎丧失所有的控费措施。而在医疗市场闪躲腾挪、无孔不入的，在城乡医疗服务领域逐步发展且成为定点医保的全国3万多家民营医院，以及因政策变化正在成为医保的数万家民营医院，一定会抓住时机，搞定卫生行政主管部门，并让其为自己的超常规的发展保驾护航，民营医院超执业范围甚至未经批准非法行医在历次中央和省市组织的专项打击行动中均未伤皮毛就是有力证据。一旦城乡医保这个占居所有医保基金和人数半壁江山的制度管理权落在了卫生行政主管部门手中，那么，医疗、医药、医保全落在一家管理，“三医联动”政策瞬间就成了一纸空文，并且成为卫生系统“挟天子以令诸侯”的尚方宝剑，进一步的深化医保制度和医药卫生体制改革无疑会因此“夭折”。
相比较卫生行政主管部门，由各级人社部门来管理整合后的城乡医保当更为合适。首先，人社部门已经管理了城镇职工和居民医保多年，积累了管理经验，虽然整合之初会有一些基金收入和支出的压力，但要不了多久就会轻车熟路。其次，人社部门还管理了覆盖面更广、资金量更大的养老保险，以及失业保险、工伤保险，庞大的社保专业管理团队运作，具有更明显的人力资源和管理经验优势。最后，人社系统已有相对完善和规范的信息系统，只需补充完善和对接，就能更好地实现包括医保在内的大社保管理运作。但人社部门管理也有一个致命的缺陷，那就是，医疗服务专业性很强，人社部门根本不具备医疗服务技术评价能力，单纯的管理医保基金，而对按总额预付、按人头付费、按病种付费的测算，以及药品器械采购价格的指导，还得依赖医疗领域的权威人士，也就是医生行业协会、医院及医生。其结果是，抢夺了卫生部门的管理权，但核心管理上又受制于卫生部门，内耗不断，管理目标也就不可能实现，医疗费用持续上涨最终导致财政破产不可避免，医患矛盾进一步激化，社会稳定成为问题。
最好的解决办法，是成立一家独立于人社、卫生部门的各级医疗保险基金管理中心，全面负责医保基金的收支管理，与人社、卫生计生部门平级，直属同级政府部门，以有效解决两家争权逐利，贻误改革时机的矛盾。新设的部门可以启用原社保局和医保局的部分熟悉医保管理人员，吸收财政部门内设社保机构管理人员，以及公立医院改革愿意进入医保管理专业医务人员。这样既解决了公立医院改革后的富余人员和财政编制方面的压力，同时又熟练有效接管新设机构，不致新设机构管理脱节和断链。
当然，这样还不够，还得由政府主导，成立由发改委、人社、食药监、医生行业协会、医院、患者代表等部门、单位参与的全行业监督机构，代替目前的分行业监督，形成相互制衡，共同牵制的监管机制；试行注册医师制，全行业监督工作主要由注册医师承担，增加医疗服务监督的科学性、权威性、可及性，避免外行监管内行；建立医疗机构和驻院医生的评价体系，严格执行定点医疗机构和执业医师的准入与退出机制；由主要包括注册医师组成的第三方监督机构制定大病病种诊疗流程和费用预算等控制标准，并向社会公开。