乡镇机构改革是政府机构改革的重要组成部分，也是“十一五”规划关于建设社会主义新农村的重要任务之一。在新的农村工作形势下，特别是取消农业税后，如何进一步深化乡镇机构改革，塑造适应市场经济和农村工作新形势的乡镇管理体制，成为当前需要探讨的现实课题。
一、目前乡镇管理体制的存在问题
1、权责关系不一。按《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》规定，乡镇政府除了没有下级政府外，在管理本行政区域内的政治、经济、社会、文化、教育等各个方面，和县(市)级政府具有基本相同的职权。但实际上乡镇职权的大部分都被县(市)直有关部门所行使，都是县(市)直部门的派出机构或直属单位，以致乡镇政府处于既不是完整的一级政府，也不是县政府派出机构的“两不象”境地。然而乡镇的责任却丝毫不减少，组织农业生产、社会治安、计生、合作医疗、调解民间纠纷、基础设施建设、普及义务教育、各项农村社会保障事业和公共事务等等，都是乡镇躲不开的任务，而且计生、社会治安等许许多多的“一票否决”、“黄牌警告”、“检查验收”，使乡镇承担了与其职权不相称的过重责任，工作时往往造成上不认帐、下不满意的被动局面。
2、职能定位不明。正因为权责不一，就必然造成一方面乡镇职能严重错位、越位。按照我国现行的各种法律规定和要求，乡镇一级政府并不是真正意义上的行政执法主体，也不具备任何条件上的执法资格。但事实上目前乡镇按上级要求，或从自身利益出发，都在自觉不自觉、作为不作为和主动不主动地行使着大量的针对农民、管制农民和治理农民的行政管理和行政执法职能，管理的事务越来越多、越来越细，政治、经济和文化无所不包；计划生育、社会治安无所不干；招商引资、征地收税无所不为。另一方面乡镇职能严重缺位、失位。目前乡镇在真正履行保护、维护和爱护农民的合法利益方面的职能却不尽如人意，经常是“种了别人的田，荒了自己的地”。如农村的社会公益事业关心不够、农民在市场经济交往中因假种子、假化肥和假合同而上当受骗的事件关顾不了，农业发展方向和粮食安全问题关注不到。特别是目前乡镇为农服务体系建设滞后，服务水平和方式明显不足，一些乡镇只顾应付完成上级布置各项考核任务，而忽视、忽略或不重视向农民提供服务、建立为农服务体系和培养为农服务队伍。
3、运转经费不足。乡镇的财政收入本来就少，再加上历史欠帐多、养人头多等，乡镇经费普遍都非常紧张，特别是取消农业税后，乡镇财政的重要来源被切断，使本已很困难的乡镇机关更加难以维持正常运转。
4、公共服务不够。取消农业税以后，乡镇政府财政收入失去了主要来源，对农村公共产品的供给更是有心无力。财政的短缺，导致农村基础设施建设、扩大社会就业、社会保障服务、发展教育、文化、卫生、体育、社会救助等各项公共服务严重滞后，这也成为当前影响农村党群、干群关系的重要原因。特别是农村基础设施建设短缺，农民群众颇有怨言。以水利道路基础设施建设为例，农业税、“两工”取消后，村内小型水利建设可以通过“一事一议”的方式解决，但跨乡、跨村的道路水利设施建设工程难以开展。
二、对策和建议
1、因地制宜，适当调整乡镇布局。乡镇作为国家最基层的政治权力中心，其辐射半径和覆盖人口不能太小或过大，否则就会提高行政成本或降低服务效率。随着农业税的全面取消和市场经济的发育成熟，乡镇干部逐渐从过去“要钱要粮”和“催收催种”等繁杂的事务中解脱出来，转移到为“三农”服务上来。因此，要按照合并乡镇、压缩机构的原则，适当调整乡镇布局。
2、依照法律，合理界定乡镇职能。党的十六届三中全会对政府的职能定位是经济调节、市场监管、社会管理、公共服务，乡镇是农村基层政权组织，是党和国家的各项工作的落脚点，其主要职能应集中社会管理、公共服务上。因此，在界定乡镇职能时，要在社会管理、公共服务的前提下，根据有关法律、法规、政策结合实际，科学合理的界定乡镇职能。要按照权力、责任、利益相统一的原则，正确划分市县与乡镇之间的财权事权人权物权，既不能权力在上面，责任在下面，也不能笼统地对乡镇搞一票否决。尤其在依法治国的大环境下，要逐步精简乡镇职能，将不必由乡镇政权履行的职能或乡镇政府不必履行的职能减去，如义务教育的职能归并到相关的教育行政主管部门，维护社会治安的职能归并到政法公安部门，完成财政收入的职能归并到财税部门等等；通过依法界定乡镇职能，让乡镇政府发挥好服务农业、农村、农民的职能，解决政府错位、超位、不到位问题，充公调动社会各方管理社会的积极性，密切党和政府与人民的联系，为构建和谐社会打下基础。
3、精干高效，科学设置乡镇机构。综合考虑乡镇职责任务，工作特点，本着精干高效的原则，乡镇机构的设置应为：(一)行政机构。设置3个内设机构：党政综合办公室(加挂综治办的牌子)、经济发展办公室、社会事务办公室。党政综合办公室主要承担党委、人大、政府交办的各项日常工作和社会治安综合治理，信访接待、工青妇、武装及各部门的综合协调工作，督促检查有关工作的落实。经济发展办公室主要承担工业、农业、水利和第三产业发展规划、招商引资等工作，协调与经济发展相关的其它工作。社会事务办公室主要承担人口与计划生育、民政、民族宗教、劳动和社会保障、科教文卫等工作。(二)派驻机构。法庭、派出所、司法所、工商所、国地税所管理体制维持不变，党的组织关系实行属地管理、人事任免等重要事项必须征得当地党委同意。(三)事业机构。将主要承担行政执行性任务的林业、交通道路管理、统计、水利、文化广播、村镇规划等事业站所，职能归人乡镇政府，不再计人乡镇事业站所序列。乡镇可设置三个事业机构，即会计核算中心(加挂农村经营管理站牌子)、计划生育技术服务指导站(以上两个事业单位直属乡镇领导，均为全额拨款单位，经费由县(市)财政统一保障)和国土资源所(人、财、物统一归县国土部门管理，经费保障由县国土部门负责)。此外，农业技术推广中心、畜牧兽医中心、农机服务中心，可考虑整合资源，跨乡镇按片区设置，人、财、物统一由县(市)主管部负责管理。
4、政事分开，积极培育中介组织。要坚持政社分开，理顺乡镇政府与社会的关系，从“全能政府”走向“小政府大社会”，创新农村社会管理体系，完善村民自治制度，培育农村新型社会化服务组织，包括各种行业协会、中介组织，如专业经济协会、文化活动协会、农村治安协会、计生协会等等，“还权于社会”，让这些民间组织、中介机构和村民自治承担一部分公共事务和中介服务工作。这样，乡镇政府管理公共事务的成本可以大大降低，政府指导性、服务性功能可大大加强，有了民间组织的介入，乡镇机构的职能才能简化，其工作人员也可以大大减少。要减事于乡镇，逐步建立管理与服务相结合、执法与服务相分离的新型的管理方式。执法类事务要归到县(市)级政府职能部门；服务性事务按照“养事不养人”的思路，由县(市)级职能部门采取公开招标方式或其它“售买”公共服务的方法交给社会企业、中介组织、服务团队和个人去做。对政府承担的公共服务事业，本着减人不减政府职责，减支不减政府公益性支出的原则，以养事定种类，以项目定支出，以考核结果定报酬，以服务质量定奖惩，创新政府投入机制，走企业化经营，市场化动作，社会化服务的路子。如运用市场手段将计划生育、畜牧防疫、病虫害测报防治、农业技术推广等服务性事务，可能通过面向社会公开招投标的办法，交给社会去做，为群众提供更好的服务。