灯火阑珊
竺可桢与左翼学生运动的某种抵触，除了思想和理念上的差异之外，考其用心和初衷，其实也是为学生所着想。当然，这是当年的学生根本不可能体会到的了。
1948年4月8日，竺可桢听说学生在演讲会上报告的主题竟是“共产党渡江”，马上告诫学生：“此种瓜田李下之论题，必有一日警局将入校捕人也。”然而不久之后，借着时局的愈加纷乱，学生自治会的壁报索性以“总理叛徒”为标题，画上蒋介石的画像，又“背插一‘斩’字”，全国各大报纸亦纷纷报道“浙大为共产党所策动中心”，国民党浙江省当局遂拟采取行动弹压。竺可桢十分着急，连呼“学生之壁报及自治会之言论随处可以造祸”、“迟早军警必来校捕人，而学生尚不自检点，到处张贴反政府、骂人以及侮辱元首之壁报” 。14日，学生自治会发表宣言，宣告此日是“反迫害、反污蔑”的罢课日，竺可桢则表示：“若反动漫画继续不绝，则人人自将目浙大为反动之大本营，甚至军警入内捕人，自招祸端。”未几，浙江大学果然成为真正的“东南民主堡垒”，全国各地的高校均派遣代表赴浙大予以支持和响应，竺可桢从教育部得知“南开、北大等学生均派代表来浙大开会，因此特务随之以来，欲乘机加以逮捕”，他本能地警觉起来，却又向当局表示：“浙大学生不能来校逮捕。”
从蒋介石，进而具体到浙大的某些有国民党背景的师长，如张其昀、佘坤珊等，一一成为学生壁报攻击的对象（不可否认的是，其中有一些乃是“成绩极坏的学生所为”）。这不免触及了高校传统的“师道尊严”和“教授治校”的理念和规则，因而浙大许多教师纷纷表示不能接受这种有辱师门的做法。苏步青、贝时璋、钱宝琮、王葆仁等代表教师面见竺校长，表示“学生如此嚣张，学校要有一处置办法”，史地系全体教师更表示如张其昀被迫辞去，或学生没有受到“谴责”，“则全体将辞职”，且“文学院教员全体与晓峰（张其昀字——引注）同进退”，随之，一些教师（徐震谔、任铭善、郦承铨、王焕镳等）表示将罢课以示抗议。对此，竺可桢表示：“壁报上言论系少数学生所为，绝非公论，但有侮辱师生与攻击个人之处，学校可以查明负责人加以处罚。”他除了严厉要求学生撕去对教师人身攻击的漫画和文字之外，又循循善诱，与学生进行对话，解释浙大的办学理念和方法，一一分述校务会议、行政会议、各委员会以及教授会、学生自治会的职权，“标榜教授治校精神”，亟力主张维护“浙大校风”——“万事公开、实事求是、师生合作”。不过，此时此地、此景此风，已非竺可桢可以从容应对的时机了，他难免“尴尬人办尴尬事”，所谓“猪八戒照镜子——里外不是人”，国民党恼怒于他的纵容包庇学生，左派则恨其站错立场，帮助当局阻碍学生运动。
不久，“中央社”传来一条带有凶险意味的新闻：
北平电：本市农、工、商、学、自由职业各团体，以中央大学、浙江大学中潜伏匪职业学生，鼓励风潮，应共匪军事暴动，非彻底肃清依法惩办不能安定秩序，巩固后方，请教部、青年部解散中大、浙大，重新登记云云。
果然，浙江大学到了一个生死关头。左派学生依然如故，而且变本加厉。
6月7日，竺可桢在日记中写道：“学生壁报张贴骂青年军之文字，指青年军为职业学生，因此引起公愤，迫令自治会交出作者姓名。”先前学生壁报发表攻击师长的漫画和文字，教师手无寸铁，不过以罢课作为抗议，但此次壁报攻击的对象竟是手执长枪的国民党青年军，竺校长担心，“如有骂青年军者即口辩，必致发生争执。如有殴打情事，则外面之青年军即行加入，不分皂白逢人便打。如此则金华中学与英士大学之惨案又将发生于浙大”矣。于是，竺校长只好勉为其难，极力阻止浙大内部的70余名青年军学生召开大会，生风作浪，以为对抗。好在竺校长制止有效，兼有统领青年军的蒋经国来函，告诫“不能打浙大”，“此事遂告平息”。
蒋氏父子当年鉴于浙江大学是故乡的一所高等学府，陈布雷、陈立夫、朱家骅等也分别以校友或乡人为念，特别是因为竺可桢主校，在教育经费、用人等各个方面给予照顾，遇有学潮等，亦往往对浙大网开一面，心存不忍。加之台湾“二二八”事件之后，陈仪由台湾调回内地，转任浙江省主席，陈仪是浙江大学的前身——杭州“求是书院”的学生，竺可桢以为“故可说浙大为其母校”，果然陈仪对母校多方垂顾，省却竺校长诸多麻烦（此后陈仪因劝说汤恩伯起义失败被解除职务、押送台湾处决）。竺可桢与陈仪相晤，“谈及大学思想事”，竺“告以办大学之方针以开导为主，渠亦赞同。对于过（去）于子三事件之处（理），渠表示不赞同省方办法”。在这种背景下，浙大处于火山端口而没有粉身碎骨，真是万幸。
不过，到了此时，竺可桢的内外压力也就格外沉重了。8月，教育部来员传达总统府密令逮捕各校职业学生，其中包括“国际学联活动分子”、“历次主动罢课人员”、“反动刊物之主编人”等，对此，陈仪的态度是赞同竺校长的方法，即“主张疏导，不主张操切从事”，竺校长悬着的心才放下来，即“当不致有派宪兵捕学生之事”，或“如有行动，必以见告”。其时，国民党当局以及其所控制的舆论早已对浙大大为不满，所谓虎视眈眈，省府一些人也力主须“大批开除学生”不可，只不过竺校长一直坚持“此种政策与浙大作风大不相侔，不能施行”。然而，形势趋于恶化，这就等同于与虎谋皮了，当局是一定要到浙大捕人的。8月19日，竺可桢在日记中写道：“此次要浙大与省府合作逮捕，完全由于国府之命令，已见沪杭报端。”省府最后拿出19人的名单（包括4名教员），竺可桢继续展开“博弈”，表示“如欲逮捕，必须有确切之证据”，后来陈仪表示“不要牵连太多，至多三人”，这已是最小的代价了。竺可桢依然积极寻求各种保护学生的办法，他对陈仪说：8月22日，特种法庭的便衣军警捕去浙大学生三人，浙大方面除提出抗议、开展营救等，还坚决拒绝军警进入校内，因为此举已“引起全校之不安”；他要求当局“嗣后非有特殊重大罪犯，弗至学校捕人，否则学校中学生人人自危”。陈仪当即表示赞同，但又为难地说：“京中重视杭州捕人事。”此番浙大捕人，先后已有吴铁城等打来电话询问，蒋介石也亲自打来电话，询问浙大捕去多少人，并问“何以只捕三人，颇怪浙省过宽”，而当局掌握的名单竟达40余人。此后围绕这一事件，竺可桢可谓焦头烂额，他费尽力气转圜，结果却是左右不讨好，——学生方面因判决被捕学生而罢课，当局又必欲弹压学生。竺校长“博弈”的最后结果是：“省政府方面接洽结果已使浙大被传学生减至最少限度”，而学生还要举行罢课，他估计当局“将来难免不再来捕人”，这怎生是好？
却说12月12日，竺可桢获知教育部转来的一个情报，内云：自从8月浙大捕人事件之后，“竺校长之态度即或形转变，甚至包容奸伪匪谍学生之一切非法活动于不问不闻，而对于特刑庭之传讯则加以拒绝。——无怪社会人士认浙大为共匪之租界”。同时，竺可桢也深知：“余办浙大颇为宵小所不谅解，横逆之来有自。”面对即将到来的凶险，他是不怕的，但又不是大意的。此时浙大学生的罢课风潮愈演愈烈，教室亦被学生占领，教师无法上课。这时又传来陈仪去职的消息，竺可桢忽然感到“事先毫无所知”，也与其此前在“福建及台湾两次去职时事先先通知者又不同”。有人以为陈仪的去职可能与浙大风潮不无关系，即此前浙大被捕学生吴大信“释放时浙大学生大贴标语，省府置之不问不闻，与此次之更调有关，因特务方面必扩大其辞以报告蒋也”。竺可桢吃了一惊，忽然也感到：“余以此知余地位之危险。”但他仍然去为陈仪送行，告别时，竺可桢由衷地感谢陈仪：过去“对于浙大同人给予无价米每月七斗，同人极为感激，而对于学生之越轨行为，保安司令部与特务机构均欲严办，总由渠个人加以宽容之办法，尤为难得”。同时，竺可桢又因陈仪的去职与此有关甚感不安，“因公洽（陈仪字——引注）去浙是一极大损失，因其人确有理想，且具胆量也”。而代之就任的周岩“就职伊始，其部下已大有暴雨欲来风满楼之概”，竺可桢不免感慨：从来就被人们标榜的“文化城”杭州，恐不久之后，“将成‘武化城’矣”。
1949年1月 25日，李宗仁出任南京政府的代总统后，“报载政府将释政治犯，停止特务，并各大城市解严，恢复各种停刊之报纸”，竺校长即以校方名义向国民党特种刑庭要求保释浙大被捕的吴大信、李雅卿、郦伯瑾、陈建新、黄世民等五个学生，他还亲自到监狱探望了五人。翌日，浙大自治会的学生拟集体前往迎接被捕同学出狱，竺校长担心学生的安全，遂请苏步青等前往特种法庭，并电话通知监狱长。这样，浙大学生排队前往监狱，一路浩浩荡荡，他们在所过道路的墙上大书“还我于子三来”、“严惩战犯”等标语，竺可桢闻之却很担忧。不过，总算“幸告无事”，竺校长终于松了一口气，但他不能不痛苦地感到：自己做校长的日子，应该有个了结了。多少年来惨淡经营一所学校，却不断与恶化的时局以及尖锐、刚性的政治周旋和博弈，他几乎崩溃了。
竺可桢作为一名曾留学美国的自由主义知识分子，对国民党的所作所为大有不满，但对共产党的主张也不甚赞同，如其所云：“关于政治党派，余均不感兴趣。”（1948年11月12日日记）更由于自己校长的身份，他对左派学生组织的“学潮”也不无反感，并多次公开表示反对，他认为学生的首要任务就是读书。然而，在几次“学潮”中，他以明确的态度表示了有限的支持，这是出于保护学生的目的，害怕手无寸铁的学生会“吃亏”。他更坚决反对国民党抓捕学生，并保护了不少他并不赞同其政治观点的学生，往往浙大的学生有被捕情事，他总是极力予以营救，并且不时去狱中看望；如果他们受审，他也一定要到庭旁听，在他的日记中，记录了大量有关的文字。也是因此，大多数的浙大师生对他充满了真诚的感激，他的那一句话——“吾人总须爱惜青年，不能以其喜批评政府而开除之”，也常常温暖着人们，让人们得以瞻仰这位大气磅礴的校长。不过，可能人们会忽视了他的另一面——真正爱护学生，并不是把学生放到火上去烤。一个优秀的教育家，一个杰出的校长，他有他清明的理性，他的长远的眼光，虽然这些可能会在一个纷扰的时代下被遮蔽、被湮没。同时，今天重新回去考量当年如火如荼的“学运”，应该说除了政党政潮的因素之外，也不能完全排除其他的因素，比如说当时的教育体制、浙大的学风等等。
竺可桢执掌下的浙大，他和他的同人们是提出并且真正实践了“求是”的办学思想和方针的。当然，这在某种程度上，应该说又失之于过分的严厉和整肃，这不免使许多资质和能力较弱的学生惶恐不安。如有些学科的学生在读完一年级的课之后，只有2/3的学生能够升入二年级去，另有1/3的学生不是开除就是留级；有些学生已经读到三四年级了，却仍有因某一门课重读后不及格而被开除；当时浙大的各系各年级，都有一批把关的教授，据说这些“关”真是难以通过，以致每年都有１／３的学生不及格，好多学生暑假不休息，拼命用功想补考及格，可老师出的补考题，往往比大考还要难；还据说读理科的学生，到四年级时都必须修读一门《文选报告》课（只有一个学分，可是要取得及格却真是登天一样难），选取这门课时，必须要在世界著名的杂志上选出一篇与研究专业有关的论文，然后要把它读懂、读通，乃至读到使全系的老师问不倒的地步，然后才够条件上讲台去向同班同学和老师作阅读报告，如果被老师问倒了，那么只好下次重新讲，而这个“下次”就意味着要再读一年。理学院各系的教授都十分重视这门课，因而每一次讨论都十分认真，这对学生来讲，当然就格外恐慌了。其中，物理系的学生最怕束星北和王淦昌两位教授，因为他们二人的知识太渊博了，要想不被他们二人问倒，真是不容易的事（李政道就曾领略过他们的风采）。浙大在当时已然是一所名校了，新生都是参加全国统考被分配来的，可是没想到，他们到了一年级永兴分部报到时，学校规定所有报到的学生都要再考一次，名曰“编组考试”，以便分班，很多新生受不了，有的竟联合起来“拒考”，几乎酿成“学潮”。但他们都尊重竺校长，怕他生气，就派了代表去总部进行解释。竺校长不客气，命令所有拒考的学生都要签名悔过，三天之内如不完成，就停闭永兴分部，这样一来，全体一年级学生500多人只好个个认错，一个个都去注册课签名“悔过”。后来开课了，一年级时几乎是每个星期天的上午都有考试，只有大年初一那天没有，——过去浙大的学生就是在这样严格的训练下培养出来的。后来因为“学潮”频频发生，染色也就影响到了浙大的学风，就在“于子三事件”沸沸扬扬的时候，有一次考试，竟出现了“二分之一不及格（学分）及必修课不及格二次须开除者有七十人之多”的现象，由此可以想见：当时学生们应该是无比的愤懑吧（也许是“法不责众”，竺可桢听说有“不及格者可从宽留校”的传说，他获知是壁报上的谣言，随即予以辟谣，表示“查无此事”，还是照样执行学校的规章）。当然了，大部分的学生还是尊重竺校长，也尊重学校制度的。不仅是学生，竺校长的威严在全校教师中也很有影响，至于学校的制度和学风等，更是他们的生命，浙大当年的光辉，也在于有这样一支戮力同心的团队，使浙大处艰危之中而不坠。在这支团队中，如光谱专家、物理系主任兼附中校长的朱正元就曾说：“竺校长命令我做的事，我从来没有违抗过。”史地系教授西洋史的顾谷宜教授回到杭州后，临危受命，出任浙大训导长一职，他说：“这是竺校长要我干的，我明知困难，也不能推辞。”苏步青也说过：“凡是竺校长要我干的事，我都干。”他们都是知名的学者，所谓恂恂如也，即便性格暴躁的束星北也是如此。有一年冬天，在贵州湄潭文庙浙大图书馆的门前，石阶上已经积满了厚厚的白雪，狂风吹打着门窗，有学生下课后走过这里，看见束星北一个人在雪地里徘徊，学生有礼貌地问他：“束先生，怎么一个人在雪地里？”束说：“声音轻点，竺校长在这屋里，我有事要向他请教。”学生问：“你怎么不进去呢？”他说：“里面有人，等他出来，我再进去。”如是而已。
竺可桢有严厉的一面，更有温和的一面。前者，可以让人“误读”，甚至反感，以至激发出“学潮”；后者，更加可以显示出他的思想和人格魅力。
沧桑鼎革，人在灯火阑珊中。竺可桢却不是转圜如莲转的人，过去浙大发生“学潮”，蒋介石往往责其“过宽”，学生则热情地呼之为“民主保姆”，现在呢，却又斥其“不能对恶势力斗争”。竺可桢到底是夹缝中勉为其难的尴尬角色，后来他的离杭赴沪，也就是这样一种无奈的抉择了。
去留之际
1949年，是沧海桑田的岁月。这年3月7日，是竺可桢的六十华诞。
这天，竺可桢在《浙大日刊》刊登启事：“礼品一概不收，开会一概不到。”此前的6日，学生自治会举行盛大的祝寿晚会，竺校长辞而不往。这天，学生又提出要建“竺可桢图书室”，竺校长说：“人尚健在，何必有此举。”翌日，学生又为他的生日大做广告，他将贺礼一律退还，而学生又向他献上一面旗帜，上书“浙大保姆”四字。这，不过是大时代之中的一个小插曲了。
4月，“红旗漫卷西风”，红旗插到了南京的城头。不久，竺可桢接到杭州市政府转来的教育部部长杭立武的电报：“俞市长烦速转浙大竺校长，望早莅沪。教授愿离校者到沪后可设法。晓峰已到。”国民党溃败，开始抢运人才，浙大训导长、史地系主任张其昀（晓峰）已经奔至蒋介石脚下，从此替代了自杀的浙大校友陈布雷，充任蒋氏的“文胆”，并建议把溃退的路线指向一海之隔的台湾，后来他成为台湾的“教育之父”和“文化之父”。当时浙大哲学系主任谢幼伟、教授牟宗三和客座教授熊十力等，也先期离开杭州，辗转前往广州，他们中有的后来又去了香港，乃至台湾。
竺可桢依然不动。
26日，竺可桢听说国民党军警闯进上海“交大”并逮捕了80多名学生，他为浙大师生的安全感到担忧，遂于翌日接连走访浙江省教育厅长、省政府秘书长、省保安司令，询问军队是否会开入浙大捕人，但是并未得到确切的答复。他当即给杭立武复电：“沪校疏散，浙大师生震惊，此时暂难离杭。”不久，他得到了省主席和保安司令“决不入浙大捕人”的保证，而杭立武又再次来电催促。何去何从呢？竺可桢舍不得丢开浙大，但是他清楚地知道：自己应该离开了，当局既然表态无捉人之意，“余已无留浙大之理由”，“兼之杭州谣传日多，谓余将出任维持会副主席，故余若再留浙大，极难剖白对于政治上有何关系，因之决计暂时避开”。此时教育部又要竺可桢去巴黎联合国教科文组织去工作，竺可桢决定认真考虑一下，究竟应该去哪里呢？
把自己同国民党绑缚在一起，早已不看好国民党的竺可桢决定不走这条道路；共产党么，自己又陌生得可以。这时，国民党浙江警备司令部转来一个信息，仍要他奉命离去，竺可桢预感到危险，多番思考，“不得不出之一走”。于是，他决定单独潜往上海，在上海的中央研究院作进一步的观察，再做决断。不久，他带信给夫人：“决不去台湾或广州。”随之，他再次回拒了杭立武“要事相商”要他去台湾或厦门的命令，并提出辞职。竺可桢又写信给浙大的同人，说自己“于狂风骤雨中仓皇出走，抛十余年共患难之友朋、生徒、妻子于不顾”是出于无奈，希其见谅。至于上海各报发表的竺可桢已飞抵台湾的谣言，他说：“兄等置之一笑可耳。”没想到，在上海潜居，偏偏碰上了身怀使命抵达上海的“小蒋”。
5月6日，竺可桢“途遇蒋经国”。据有人回忆：是日，竺可桢正从研究院的楼梯上走下来，恰好碰见了蒋经国，蒋问：“你怎么还没有走? ”随后马上说：“我叫人去为你买机票。”竺可桢回答说：“历史兴替，大势已去，台湾能维持多久?您与令尊经历不同，依我看，您也不必去台湾了。”听了这话，蒋经国生气地说：“人各有志。”于是两人不欢而散。据当年浙大学生的谢觉民的回忆：多年后他去台湾，蒋经国曾单独邀请他午餐，并亲口对他说：“当年我奉父命，邀请令师竺可桢先生前来台湾，可惜他未能前来。”另据中科院院士吴征铠先生的回忆：竺可桢与蒋经国会面后，为了摆脱可能的纠缠，竺可桢随即和中央研究院院士、化学家吴学周商议，吴建议竺立刻迁到比较封闭的一间化学实验室（这个实验室的安全门是钢制的，窗子也是如此，并有帘子和百叶窗，门窗关闭后，外边什么也看不见），此后竺可桢整日闭门，只在屋中看书消遣，当时上海有的小报报道竺可桢“失踪”了，这样才没有引起外人的注意。此后，竺可桢又谢绝了傅斯年的来电邀请，至5月27日上海已解放，《大公报》终于公开了“竺可桢未去台湾”的消息。
竺可桢的选择并不出人意料，他早已绝望于国民党“不自振作，包庇贪污，赏罚不明，卒致有今日灾害颠覆”，他还亲睹了人民解放军进入上海而秋毫无犯（在中央研究院，他见到解放军“站岗者倦则卧地，亦绝不扰人，纪律之极佳诚难得也”），同时他确信：自己前半生无法遂愿的科学、民主、自由、仁爱，在新社会中应该是大有希望的。于是，在沧桑鼎革之日，他在日记中写下了这样一段话：“解放军之来，人民如大旱之望云霓，希望能苦干到底，不要如国民党之腐败；科学对于建设极为重要；希望共产党能重视之。”
也几乎是同时，早在抗战尾声时参加并成为由周恩来指示而成立的中共外围的“中国科学工作者协会”理事长的竺可桢，却听到了浙大居然发生了“拒竺”运动的消息：1949年6月8日，竺可桢忽然收到夫人发自杭州的信函，得知浙大校内的壁报竟然在指责他“受英美教育之毒，做事不彻底，不能对恶势力争斗，只剩了些科学救国空谈”。又说：“竺对于旧的固然厌恶，对于新的心存怀疑。但民主与反民主不容有中间［道］路的，而竺某偏偏走了中间毁灭之路。”显然，这不是空穴来风。
1949年1月，竺可桢还在杭州时，为了尽量躲避战火、减少人民的损失，社会有识之士成立了“浙江人民促进和平委员会”，竺可桢是常委之一；4月，又成立了浙江省临时救济委员会，竺可桢也是常委之一，当时浙大也成立了一个“应变执行委员会”，但到了25日，浙大已是“学生自由行动，学校已入无政府之状态”（《竺可桢日记》）。5月3日，杭州解放。对于自己当年的抉择，竺可桢在后来“洗澡”运动中的《思想自传》中说：“首先由于国民党特务视浙大为眼中钉，而且从他们看来我是站在学生方面，是他们的对立面，在他们撤走以前，有可能做些对我不利的事情。其次，我对共产党办学方针毫不了解，不如回中央研究院重理旧业为适当。”正是这“两头不到岸”的局促情景，触发了当年浙大的“拒竺”风波。
据当年浙大学生许良英（物理学家、社会活动家）后来在《幻想·挫折·反思·探索——波涛一生的心路历程》中的回忆：当年浙大的中共党组织，原发端于浙大在贵州办学时由史地系吕东明、电机系李振铭（李晨）两位学生所建立，并由中共南方局组织部领导，但当时未建立支部，直至复员回杭州以后，即1947年2月才建立了支部。在“反饥饿、反内战”运动的后期，中共上海局青年组的成员洪德铭（化名张新之）来杭州指导工作，8月，浙大党支部进行改组，许良英任书记。12月，中共上海局决定成立杭州工作委员会，指派洪德铭为书记，钟沛璋和许良英为委员，浙大支部书记改由李景先接任（因过于暴露，不久改由吴大信担任）。至1948年2月以后，领导杭州工委的是中共上海局上海学委副书记吴学谦（后为外交部部长）。暑假时，中共杭州工委总结工作，认为浙大近几个月的工作显得混乱，斗争过于频繁，即从4月到6月，全校性罢课搞了五六次；部分党员轻信解放军将于该年5月渡长江的谣传，竟以学生自治会名义出布告召开“渡江座谈会”，结果，群众疲惫不堪，骨干过于暴露。这说明当时中共党组织也意识到浙大的“学潮”过左。此后的1948年9月，中共浙大支部升格为总支，由周志成任总支书记；到了1949年3月初，中共上海局杭州市委成立，林枫为书记。5月7日，中国人民解放军华东军区杭州军事管制委员会宣告成立，谭震林为主任，谭其龙、汪道涵为副主任。当时在上海的竺可桢从陈毅处获知：共产党决定实行宽大政策，胡适、傅斯年、翁文灏等“均无避去之需要”，陈毅还表示要让新任杭州市长谭震林去浙大拜访竺可桢云云。可是不久，竺可桢就听说了浙大“倒竺”的消息。
无疑，此前和当时竺可桢的一些言行并不符合新的浙大校长人选的身份。
在1940年10月20日竺可桢的日记中，记录了他与马寅初的一次谈话。当时马寅初因大胆抨击国民党豪富声名大振，竺可桢在日记中写道：“马寅初近来对于孔、蒋大肆抨击，——渠颇信共产党为较有办法，认其领袖能刻苦为可佩。”不过，竺可桢对此却有不同的看法：“余告以共产党以苏联为背景，惟Stalin之命是从，不能与中华民族之利益相吻合。蒋纵容孔令仪、令侃、宋霭龄辈贪赃受贿，固属不符舆情，但国家欲养成全国爱戴之领袖亦不易。故以忠言劝告为善策，莫为共产党所利用也。”1941年4月24日，竺可桢在向学生演讲时提及外交情形，“批评苏联各国均只知利害，不管是非，将来自食其果。我校求是精神，即只知是非，不顾利害”。如此等等，显然他与新社会不无隔膜。也就在他离杭赴沪时，竺可桢得知“杭州一切安好，并无轰炸城站及浙大之事；并知5月3日杭州之解放极为平安。学校尚未接收，但照常上课。每人曾由文教处发三千元之人民币，教授与校工一律待遇。校务会议常务委员为蔡邦华、王劲夫及谭天锡三人云云。……振公函则谓杭州市长谭震林已按中共当局令余回浙大主持。如此信确，乃其不幸之事，因余对浙大校长一职实已厌恶万分也……”。看来就是竺可桢自己也不愿意继续担任校长了。6月2日，他写信给蔡邦华、王国松、谭天锡及所有同事、学生，恳切地表示自己不回浙大了：“十四年来，弟在浙大虽竭尽绵力而仍不免左支右绌，烂额焦头”，现在年达耳顺，精力日衰，更应“退让贤路”。长期的校长生涯已使他心力交瘁，他想回到科学研究的本行中去，这也是他长久以来的心愿。
但问题不在他主观上的愿意不愿意，而是客观使然的不可能了。
4月29日竺可桢校长秘密出走之后，原来的校务委员会已停止工作，为了维持学校，农学院院长蔡邦华等14人发起成立了临时校务委员会,由原校应变委员会主席严仁赓教授为临时主席，选举蔡邦华、王国松（工学院院长）、谭天锡(讲师助教会负责人，土木系讲师)为临时校务委员会常务委员。6月6日，杭州市军管会决定对浙大实行军事接管，并派出军代表林乎加、副军代表刘亦夫到校进行接管，接管小组成员由严仁赓（法律学系教授）、孟宪承（教育学系教授）、陈立（教育学系教授）、范绪箕（教育学系教授）、张君川（教育学系教授）、黄焕焜（教育学系教授）以及中共地下党员刘潇然、许良英和学生自治会主席包洪枢等9人组成，随即该小组宣布：“指出嗣后浙江大学是人民的学校，担负着培养人才的重大任务。目前工作仍由临时校务会议执行，但一切措施，应有军事代表签署始能生效力。”又宣布停止中国国民党、三民主义青年团等一切反动组织的活动，违者严惩不贷；查封原文学院院长张其昀教授的全部文稿、书籍及全部财产；将师范学院撤销，将教育学系并入文学院；又决定将历史系停办一年（至1950年，宣布停办法学院、历史系、哲学系），师生予以遣散，仅留下12人组成学习班，学习马列主义经典著作和毛泽东著作。多年以后，忆及这段往事时，谭其骧教授说：“1950年浙大宣布停办历史系，我不得不离开浙大，转来复旦。我相信，浙大若能像竺老当校长时那样继续办下去，我是不会离开浙大的。”
9月1日，竺可桢在日记中记曰：“上海发表马寅初浙大校长，江华杭州市长。”竺可桢终于松了一口气。然而不久，他又听到这样的消息：浙大被接管之后，军管会听任左派学生和助教“取报复主义，停聘教授六十余人之多，储润科、朱正元、胡刚复等均在其内，职员如赵凤涛亦在其列，全以过去有恩怨关系为主，而不问教授法、学问之如何也。——可知浙大接管情形与北大、清华、南开可谓全不相同也”。在被停聘的人员中，除了国民党背景的诸葛振公等以及“训导处”全部人员，还有过去因反对学生罢课而罢教的郦承铨、王焕镳以及谢家玉、赵松乔、竺士楷等。至于竺可桢，无疑已不再是校长的人选了。而竺可桢花费13年心血创建的浙江大学，延至1952年院系调整，原来的浙江大学，终于面目全非矣。
然而，就在竺可桢逗留上海的日子里，一些浙大师生和上海浙大校友会还多次请求他返回浙大继续主事，不过，已在浙大服务了13年的竺可桢心意已决，何况此时竺可桢夫人也从杭州来信，向竺可桢明确表示：他“若回浙大，她就要分居”。那么，以下的场景就是最后的一幕了：
7月3日，上海浙大校友会举行年会，内容之一是热烈欢迎竺可桢校长。两周之后，北平中山公园又有浙大校友两百余人集会，恳切请求竺可桢回浙大继续长校，外语系学生裘克安甚至还提议发起请竺可桢回校的签名运动，此情此景，可谓情真意切，竺可桢为之动容，言不能答。但竺可桢仍在日记中说：“余表示决绝不干，谓余在浙大十三四年，自四十六以至六十岁，实为余之壮年时期。现已达衰老，应让余退休。因大学校长职务繁重，非老朽如余所能胜任也。”
10月16日，竺可桢出任中国科学院副院长。此前的9月16日，他与陶孟和、吴有训等联名写信给赵元任等旅居海外的学者，告知他们：上海解放四个月以来，“于人民政府领导下，各方面奋力建设均获相当进展”，因而热诚动员他们回国参加“新中国建设”。接着，竺可桢北上履新，开始了他人生的又一崭新篇章。
不过，在此后的历次政治运动中，服务浙大的13年，仍然是竺可桢绕不过去的一道坎。他不时要翻开日记，回忆那些风雨如晦的日子。