个人最后分别作出了不同的抉择。对此胡适晚年曾有一个回忆，他说：“胜利之后（即抗日战争胜利之后。笔者注），我到浙江大学去演讲，竺可桢是浙大的校长，他和他的太太住在礼堂楼上。你想，校长住在礼堂的楼上，他的一切都被学生监视住，我就晓得他们是出不来了。”这个回忆，除了时间不吻合之外，竺可桢之所以没有跟随国民党赴台，与其当时“他的一切都被学生监视住”是否相合，也不是事实，那不过是胡适的想象。
却说胡适走了之后，12月12日，竺可桢获知教育部转来的一个情报，内云：自从8月浙大捕人事件之后，“竺校长之态度即或形转变，甚至包容奸伪匪谍学生之一切非法活动于不问不闻，而对于特刑庭之传讯则加以拒绝。——无怪社会人士认浙大为共匪之租界”。同时，竺可桢也深知：“余办浙大颇为宵小所不谅解，横逆之来有自。”面对即将到来的凶险，他是不怕的，但又不是大意的。此时浙大学生的罢课风潮愈演愈烈，又传来陈仪去职的消息，竺可桢忽然感到“事先毫无所知”，有人以为陈仪的去职可能与浙大风潮不无关系，即此前浙大被捕学生吴大信“释放时浙大学生大贴标语，省府置之不问不闻，与此次之更调有关，因特务方面必扩大其辞以报告蒋也”。竺可桢感到：“余以此知余地位之危险。”但他仍然去为陈仪送行，告别时，竺可桢由衷地感谢陈仪：过去“对于浙大同人给与无价米每月七斗，同人极为感激，而对于学生之越轨行为，保安司令部与特务机构均欲严办，总由渠个人加以宽容之办法，尤为难得”。竺可桢又因陈仪的去职与此有关甚感不安，“因公洽（陈仪字。笔者注）去浙是一极大损失，因其人确有理想，且具胆量也”。
取而代之的是周岩（喦），他“就职伊始，其部下已大有暴雨欲来风满楼之概”，竺可桢不免感慨：从来就被人们标榜的“文化城”杭州，恐不久之后，“将成‘武化城’矣”。
1949年1月25日，李宗仁出任代总统后，“报载政府将释政治犯，停止特务，并各大城市解严，恢复各种停刊之报纸”，竺校长即以校方名义向国民党特种刑庭要求保释浙大被捕的吴大信、李雅卿、郦伯瑾、陈建新、黄世民，他还亲自到监狱探望了5人。翌日，浙大自治会的学生拟集体前往迎接被捕同学出狱，竺校长担心学生的安全，遂请苏步青等前往特种法庭，并用电话通知监狱长。这样，浙大学生排队前往监狱，一路浩浩荡荡，他们在所过道路的墙上大书“还我于子三来”、“严惩战犯”等标语，竺可桢闻之却很担忧，不过，总算“幸告无事”，竺校长终于松了一口气，但他不能不痛苦地感到：自己做校长的日子，应该有个了结了。
去留之际
1949年3月7日，这一天是竺可桢的60华诞。这天，竺可桢在《浙大日刊》刊登启事：“礼品一概不收，开会一概不到。”此前，学生自治会已为他举行了盛大的祝寿晚会，竺校长辞而不往。这天，学生又提出要建“竺可桢图书室”，竺校长说：“人尚健在，何必有此举”。翌日，学生又为他的生日大做广告，他将贺礼一律退还。学生又向他献上一面旗帜，上书“浙大保姆”四字。这一切不过是大时代之中的一个小插曲了。
4月，“百万雄师过大江”，红旗插到了南京的城头。竺可桢忽然接到杭州市政府转来的教育部长杭立武的电报：“俞市长烦速转浙大竺校长，望早莅沪。教授愿离校者到沪后可设法。晓峰已到。”国民党溃败，开始抢运人才，浙大训导长、史地系主任张其昀（晓峰）已经奔在蒋介石脚下，从此替代已自杀的浙大校友陈布雷，充任蒋氏的“文胆”，并建议把溃退的路线指向一海之隔的台湾，后来他成为了台湾的“教育之父”和“文化之父”。浙大诸多教授陆续离开杭州，辗转前往广州，他们中有的后来又去了香港，乃至台湾。竺可桢依然不动声色。
26日，竺可桢听说国民党军警闯进上海“交大”并逮捕了80多名学生，他为浙大师生的安全感到担忧，遂于翌日接连走访浙江省教育厅长、省政府秘书长、省保安司令，询问军队是否会开入浙大捕人，但未能得到确切的答复，他当即给杭立武复电：“沪校疏散，浙大师生震惊，此时暂难离杭。”不久，他得到了省主席和保安司令“决不入浙大捕人”的保证，而杭立武又再次来电催促，何去何从呢？竺可桢感到：“余已无留浙大之理由”，“兼之杭州谣传日多，谓余将出任维持会副主席，故余若再留浙大，极难剖白对于政治上有何关系，因之决计暂时避开。”此时教育部又要他去巴黎联合国教科文组织去工作（陈源就在那里），那么，究竟应该去哪里呢？显然，把自己同国民党绑缚在一起，这是早已不看好国民党的竺可桢所坚决不从的。这时，国民党浙江警备司令部又来催促他，竺可桢预感到危险，“再四思维，不得不出之一走”，他决定单独潜往上海，在上海的中央研究院做进一步的观察，再作决断。
随即，他托人带信给夫人：自己“决不去台湾或广州”。但上海各报发表的竺可桢已飞抵台湾的谣言已四处蔓延，对此，他说：“兄等置之一笑可耳。”
5月6日，竺可桢在上海“途遇蒋经国”。据有人回忆：是日竺可桢正从研究院的楼梯上走下来，恰好碰见了蒋经国，小蒋问：“你怎么还没有走?”随后又说，“我叫人去为你买机票。”竺可桢回答说：“历史兴替，大势已去，台湾能维持多久?您与令尊经历不同，依我看，您也不必去台湾了。”听了这话，蒋经国生气地说：“人各有志。”于是两人不欢而散。又据当年浙大学生谢觉民的回忆：多年后他去台湾，蒋经国曾单独邀请他午餐，并亲口对他说：“当年我奉父命，邀请令师竺可桢先生前来台湾，可惜他未能前来。”另据中科院院士吴征铠先生的回忆：竺可桢与蒋经国会面后，为了摆脱可能的纠缠，竺可桢立即和中央研究院院士、化学家吴学周商议，吴建议竺立即迁到比较封闭的一间化学实验室（这个实验室的安全门是钢制的，窗子也是如此，并有帘子和百叶窗，窗门关闭后，外边什么也看不见）。此后竺可桢整日闭门在屋中看书消遣，当时上海有的小报报道竺可桢“失踪”了，这样才没有引起外人的注意。此后，竺可桢又谢绝了台大校长傅斯年的来电邀请，至5月27日上海已解放，《大公报》终于公开了“竺可桢未去台湾”的消息。
竺可桢的选择并不出人意外，他早已绝望于国民党，他还亲睹了人民解放军进入上海而秋毫无犯。同时他确信：自己前半生无法遂愿的科学、民主、自由、仁爱，在新社会中应该是大有希望的。
也几乎是同时，早在抗战尾声时参加并成为由周恩来指示而成立的中共外围的“中国科学工作者协会”理事长的竺可桢，却听到了浙大居然发生了“拒竺”的消息。如同后来竺可桢在知识分子思想改造运动中所写的《思想自传》中所说：当年自己之所以出走浙大，“首先由于国民党特务视浙大为眼中钉，而且从他们看来我是站在学生方面，是他们的对立面，在他们撤走以前，有可能做些对我不利的事情。其次，我对共产党办学方针毫不了解，不如回中央研究院重理旧业为适当”。这是竺可桢的出走原因，至于当年浙大部分学生的“拒竺”，显然是当年竺可桢身处两难困境的窘态所以致之。当然， 从某种程度上说， 这是“学运”中的一个错误的“偏向”。
早在1948年9月，中共浙大支部已升格为总支，由周志成任总支书记；1949年3月初，中共上海局杭州市委成立，林枫为书记。5月7日，中国人民解放军华东军区杭州军事管制委员会宣告成立，谭震林为主任。当时在上海的竺可桢从陈毅处获知：共产党决定实行宽大政策，胡适、傅斯年、翁文灏等“均无避去之需要”，陈毅还表示要让新任杭州市长谭震林去浙大拜访竺可桢云云。显然，新的浙江大学要物色新的校长，成为这一人选的，是著名经济学家马寅初。
对于马寅初，竺可桢并不陌生，他们是同乡，又都是民国著名的学者，但他们毕竟有差别，或许这就是后来由马寅初取代了竺可桢成为浙大校长的地方。1949年6月2日，他写信给马寅初说：“十四年来，弟在浙大虽竭尽绵力而仍不免左支右绌，烂额焦头”，如今更应“退让贤路”。
“左支右绌，烂额焦头”，这是竺可桢当校长的深刻体会，也是所以有人会“拒竺”的原因。如今，时代变迁，而长期的校长生涯已使他心力交瘁，他想回到科学研究的本行中去，这也是他长久以来的心愿了。况且形势使然，早在竺可桢出走之后，原来的校务委员会已停止工作，为了维持学校，浙大农学院院长蔡邦华等14人发起成立了临时校务委员会，即由原校“应变委员会”主席严仁赓教授为临时主席，组成“临时校务委员会”。至6月6日，杭州市军管会决定对浙大实行军事接管。接管小组宣布：“嗣后浙江大学是人民的学校，担负着培养人才的重大任务。目前工作仍由临时校务会议执行，但一切措施，应有军事代表签署始能生效力。”又宣布停止中国国民党、三民主义青年团等一切反动组织的活动，违者严惩不贷；查封原文学院院长张其昀教授的全部文稿、书籍及全部财产；将师范学院撤销，将教育学系并入文学院；又决定将历史系停办一年（至1950年，又宣布停办法学院、历史系、哲学系），师生予以遣散，仅留下12人组成学习班，学习马列主义经典著作和毛泽东著作等。
时在上海的竺可桢关注着这一切，在他的日记中还记载着这样的消息：浙大被接管之后，军管会听任左派学生和助教“取报复主义，停聘教授六十余人之多，储润科、朱正元、胡刚复等均在其内，职员如赵凤涛亦在其列，全以过去有恩怨关系为主，而不问教授法、学问之如何也。——可知浙大接管情形与北大、清华、南开可谓全不相同也”。然而，当时一些浙大师生和上海浙大校友会，还多次请求竺可桢返回浙大继续主事，竺可桢自然心意已绝，何况此时竺可桢夫人也从杭州来信，她向竺可桢明确表示：他“若回浙大，她就要分居”。
但历史留下了最后一幕：7月3日，上海浙大校友会举行年会，内容之一是热烈欢迎竺可桢校长。两周之后，北平中山公园又有浙大校友两百余人集会，恳切请求竺可桢回浙大继续长校，外语系学生裘克安甚至还提议发起请竺可桢回校的签名运动。此情此景，可谓情真意切，竺可桢为之动容，竟不能答。他在日记中表白：校长么，“余表示决绝不干，谓余在浙大十三四年，自四十六以至六十岁，实为余之壮年时期。现已达衰老，应让余退休。因大学校长职务繁重，非老朽如余所能胜任也。”
1949年6月，中央拟定即将筹备成立的中国科学院正副院长的人选，在由华东局报送的名单中，是李四光、竺可桢、陶孟和3人。1949年10月16日，竺可桢被认命为中国科学院副院长。此前的9月16日，他与陶孟和、吴有训等联名写信给赵元任等旅居海外的学者：上海解放4个月以来，“于人民政府领导下，各方面奋力建设均获相当进展”，热诚希望诸位回国参加“新中国建设”。
接着，竺可桢北上履新。历史掀开新的一页。
责任编辑 李彦敏