乾隆初，大金川土司莎罗奔夺取小金川泽旺印信，意欲并吞诸蕃，又攻明正土司(今康定)。1747年，清军3万人分两路进讨，久而无功，川陕总督张广泗被清廷处死，改派岳钟琪为总兵，刻期进讨。1749年，莎罗奔请降，大金川事件初告平息。
以后，大小金川之间常有冲突。到18世纪60年代，金川局势再度紧张，又一次引起清王朝的关注。1766年，清廷派四川总督阿尔泰联合9家土司会攻大金川，小金川土司僧格桑(泽旺子)却与大金川土司索诺木(莎罗奔侄孙)联合反清。1771年清军败绩，清廷又将阿尔泰革职，派温福入川督师，向金川进兵，第二次金川之役由此开始。1773年，温福战死，清廷又派阿桂为，增兵金川。经多次血战，清军死伤众多，终于于1776年初取胜。历时五年、死伤逾万人、耗银7000万两的第二次金川之役至此结束。
两次平定大小金川是清朝乾隆皇帝的十大武功之一。与乾隆其他九大武功相比，偏居川西一隅、仅有弹丸之地、数万人口的大小金川，却致清王朝先后共投入了近60万人力、7000万帑币，其代价远远超过乾隆的其他任何一次武功。
大小金川之役的结局经过大小金川之役，此后清朝在这一地区废除土司制，改置州县。巩固和发展了西南地区自雍正以来改土归流的成果，加强了边疆和内地的经济文化交流。
战后，清朝在大小金川分置阿尔古、美诺两直隶厅。
大小金川之战的历史影响在这些平定叛乱、维护大一统国家的战争中，平定新疆准噶尔和回疆的战争，用兵五年，耗帑三千余万两，辟地一万余公里;平定云、贵、粤的战争，前后用兵十二年，耗帑七千余万两，领土未有增加，但改革了三省政治;而平定大小金川的战争，前后两次，历时七年，耗帑七千余万两，杀张广泗、讷亲、阿尔泰、温福四员大臣，阵亡将士三万余人，杀抗命苗番两万以上，而所平定之地，不过是四川省西北部的深山荒野，纵深仅仅二百余公里。与朝廷大军作战的，亦只是人不满三万、武器装备非常落后的大小金川沿岸的藏民。
比较一下这三次大的平乱战争，大小金川之战实在是得不偿失，这其中一定有令人难以想象的艰难。北京西山圆形城堡之，是乾隆皇帝专门为征讨大小金川而修筑的模拟战场。八旗军中的精壮将士二千余人组成的一支特种部队健锐云梯营，日夜在此演习山地战和攻坚战。这里就是乾隆团城演武厅。